Luigi Scaglia nasce a Chiari il 23 novembre 1986. Cresce nelle giovanili del Brescia. Le Rondinelle lo mandano in prestito al Lumezzane in Serie C, dove esordisce tra i professionisti nel 2006. La stagione successiva resta al Lumezzano con cui colleziona 30 presenze. Nella stagione 2007-2008 ritorna al Brescia. Esordisce in Serie B il 18 settembre 2007, nella sfida contro il Piacenza.

Torna nel 2008 al Lumezzane, dove resta fino al 2010. Nel gennaio del 2010 arriva la chiamata del Torino in Serie B, nel quale gioca 11 partite segnando 1 gol in campionato contro il Sassuolo. Luigi Scaglia rimane all’ombra della Mole anche nella prima parte della stagione 2010/2011, giocando 8 partite. Nell’inverno 2011 passa alla Cremonese in prima divisione.

I tempi sono maturi per un suo ritorno a Brescia, dove resta per quattro stagioni fino al 2015. Il 1º luglio 2015, dopo oltre un decennio di militanza, lascia a titolo definitivo le Rondinelle trasferendosi al Latina, con cui firma un contratto triennale.

Il 31 gennaio 2017, durante l’ultima giornata di calciomercato, si trasferisce al Parma. L’inverno seguente finisce al Foggia con la formula del prestito. Il 27 agosto passa dal Parma Calcio al Calcio Catania a titolo temporaneo e successivamente alla Carrarese.

Il 24 agosto 2019 il Parma lo cede a titolo definitivo al Trapani. Scaduto il contratto annuale con il club siciliano, passa allo Sporting Franciacorta.

Nato come ala sinistra, durante la sua carriera ha svolto anche il ruolo di esterno sinistro, terzino o interno di centrocampo.